玛纳斯县位于新疆维吾尔自治区中北部，昌吉州最西部，准噶尔盆地南部。地理坐标为东经85°34′至86°43′，北纬43°28′至45°38′。东接呼图壁县、西邻石河子市，南与和静县为界，北邻和布克赛尔蒙古自治县。县城玛纳斯镇距石河子市15千米。全县总面积9154.48平方千米，总人口167012人（2003年）。有汉、哈萨克、维吾尔、回、蒙古族等19个民族。

地势自东南向西北缓缓倾斜，地貌主要分为三大类型：南部山区与丘陵地、中部平原区、北部为古尔班通古特沙漠的一部分。主要河流有玛纳斯河、塔西河两大水系。属中温带大陆性气候，冬季长而严寒，夏季短而酷热，昼夜温差大。