幽栖寺位于南京市南郊祖堂山的南麓，始建于南朝刘宋大明三年(459年)，是“南朝四百八十寺”中早期的著名庙宇，距今已有1500余年的历史。 祖堂山与牛首山似断若连，层峦叠翠，主峰削如芙蓉，高矗云霄。南麓茫茫竹海，古木参天，原名幽栖山。南朝刘宋大明三年(459年)，在此建寺，即以山为名，称幽栖寺。唐太宗贞观(627-649年)年间，高僧法融禅师在此山北崖洞穴中修行，得禅宗四祖道信嫡传心法，创立禅宗的一个支派“牛头宗”，被称为“南宗第一祖师”。幽栖寺为牛头宗即“江表牛头”的发祥地，亦被誉为南宗祖堂，由此改名祖堂寺。幽栖山亦随之更名为祖堂山。晚唐光启(885-888年)中，寺废。 杨吴太和二年(930年)重建，改称延寿院。幽栖寺地势幽静，竹海松涛，置身其中，令人尘虑顿消，幽思无限。南唐烈祖李异在政务倥偬之际，常来此山游赏，中主李瑕也多次来此礼忏拜佛，后主李煜更在此处大兴土木，造寺千间。南宋治平(1064～1067年)年间，恢复幽栖寺原名。 明代重建该寺，又称祖堂寺。寺庙依山而建，规模宏大，自山脚至山门，为一冗长古道，林木参天。繁叶蔽日，殿阁僧舍，错落有致。据《金陵梵刹志》记载：明代祖堂寺内主要殿堂有金刚殿、天王殿、佛殿、千佛殿、观音殿、华严殿、水陆殿等。除观音殿为三槛外，其余各殿均为五楹；另有三层十五楹禅堂、二层十楹斋堂及五楹厨库、茶寮各一座。寺院基址占地240余亩，田地山塘500余亩。幽栖寺在明代还管辖着附近的几座小刹。寺前并建有一座无梁殿及回廊、渡桥等建筑。