尖扎县位于青海省东南部，黄南藏族自治州北部。东北绝大部分以黄河为界，与化隆县相望，东南与循化县接壤，西与贵德县相连，南与同仁县毗邻。总面积1712平方千米。

全县地势西高东低，最低海拔1960米，最高海拔4614米，相对高差为2654米。气候属高原大陆性气候，为青藏高原特殊型气候区，年平均温度7.8℃，年日照时数4432小时，年平均降水量350-400毫米，无霜期186天。